Des méthodes ou techniques multiples ont été utilisées pour contrôler les polluants, y compris des méthodes physiques, chimiques et biologiques, et les meilleures d'entre elles sont les techniques biologiques appelées processus de biodégradation. Cette méthode est l'une des méthodes réussies à grande échelle pour éliminer les polluants, car ses effets sur l'environnement sont minimes. Des études ont montré que le processus de biodégradation se déroule en trois étapes nécessaires, comprenant un léger changement dans ces composés organiques, où il y a fragmentation des chaînes hydrocarbonées en parties tout en conservant la structure chimique du composé de base avant et après la fragmentation, puis la minéralisation des parties organiques se produit et leurs structures changent de molécules organiques en molécules inorganiques. Les microorganismes dégradants les hydrocarbures représentent moins de 1 % de la communauté microbienne du sol, et lors de la pollution, leur proportion augmente pour atteindre 10 %. Certaines substances influençant la tension de surface sont produites, ce qui aide à décomposer et à démanteler les taches de pétrole et sont considérées comme des substances chimiques non autotrophes. De nombreuses bactéries ont été isolées des zones polluées par le pétrole brut et ses dérivés, et leur capacité à dégrader les hydrocarbures a été étudiée, et il a été constaté qu'elles sont respectueuses de l'environnement, car elles aident à débarrasser l'environnement des polluants, que ce soit à la surface de l'eau ou dans le sol. Certains les ont décrites comme ayant la capacité de décomposer la plupart des composants du pétrole, et elles sont considérées comme génétiquement stables, capables de se reproduire rapidement et possèdent des enzymes de dégradation capables de rivaliser avec les organismes naturellement présents sur le site de pollution. De plus, elles se distinguent par leur absence d'effets secondaires négatifs et ne produisent pas de substances métaboliques toxiques. De nombreuses recherches ont indiqué la possibilité d'isoler et de diagnostiquer plusieurs types de bactéries ayant une haute capacité à décomposer différents types d'hydrocarbures, y compris Aeromonas media, Pseudomonas putida, Serratia liquefaciens, Aeromonas media, Flavobacterium breve, Sphingobacterium spiritivorum.

  Certains chercheurs ont réussi à isoler de nombreuses bactéries aérobies et anaérobies facultatives, ainsi que des bactéries anaérobies dans des sites de pollution pétrolière, dans le sol et dans les puits. Certains ont trouvé que des espèces de Bacillus capables de former des spores ont une efficacité élevée dans la dégradation du pétrole, et différentes espèces de bactéries ont été isolées de zones profondes des eaux marines polluées, des sédiments et du sol.

Il a été rapporté dans des sources qu'il existe des facteurs influençant la dégradation des composés pétroliers, y compris des facteurs environnementaux qui jouent un rôle dans le processus de dégradation de ces polluants, notamment l'abondance d'oxygène, le pH, les températures, la concentration des substances hydrocarbonées et leur nature, l'humidité relative et les sels minéraux. Il a été observé que la bactérie Micrococcus roseus a la capacité de croître dans le diesel en mesurant les nombres viables et l'absorbance lumineuse sous des conditions aérobies, en raison du besoin de ce type d'oxygène pour compléter le processus de biodégradation. La présence d'une croissance croissante du début à la fin de l'incubation est une preuve de la capacité de la bactérie à consommer des composés hydrocarbonés comme source de carbone et d'énergie.

  Il existe des facteurs liés aux microorganismes, car le processus de dégradation dépend de la présence de bactéries capables de croître, de se reproduire et de dégrader les composés hydrocarbonés dans les zones polluées, ainsi que de l'abondance des nutriments nécessaires à leur croissance. Un autre facteur est la présence de plasmides dans les bactéries qui portent les gènes responsables de la biodégradation de ces composés.

  Des chercheurs ont étudié l'effet de l'ajout de nutriments et de l'ajout d'un agent d'aération sur la biodégradation des substances aromatiques en utilisant un mélange de bactéries, et ils ont constaté une augmentation du processus de dégradation lors de l'ajout de ces facteurs en présence du mélange bactérien. Une autre étude a confirmé l'efficacité des bactéries naturellement présentes dans les sols pollués par le pétrole dans la dégradation des dérivés du pétrole brut en présence de nutriments phosphorés et azotés, car leur capacité à digérer 80,8 % du pétrole brut a été démontrée en 21 jours.

  L'efficacité de la dégradation biologique de ces polluants a été testée lors de l'injection microbienne de la bactérie active Bact.No.4, ainsi que l'injection d'une culture d'un mélange entre la même bactérie précédente et le champignon white rot, et la dégradation a été estimée lors de l'injection microbienne avec la flore microbienne complète, où elle a réussi à éliminer 99 % du pétrole brut.